Pembacaan Puisi Dora Buat bang Jono

kala malam kelam itu membabi buta..

Tak menyurutkan semangkatku untuk membacakan puisi..

Kala itu malam 17 Agustus tahun 2001 aku membacakan puisi di depan ribuan orang bernyawa dan tidak bernyawa ( dilapangan desa tapi samingnya kuburan soalnyaa)

Aku memaksa ayahku untuk mengganti judul puisi yang sudah ditentukan dari panitia..
judul awalnya "Pahlawanku" dan aku ganti dengan karyaku sendiri dengan judul "tukang sate" aku pikir ini adalah karya emas yang harus dipublikasikan ( saat itu usiaku 9 tahun duduk di kelas 3 SD)

Malam pementasanpun tiba,,,

Ibuku sudah menyiapkan baju ala ala celana doreng doreng tentara dengan rompi rompi mini kotak kotak dan topi koboi tapi pake bunga matahari gedhe di samping kiri..
tapi aku menolak mentah mentaaah sodara.. "TIDAAAKKK OH TIDAAKK IBUU" jangan kau berikan aku baju ala koboi ini..aku tak punya kuda untuk kutunggangi..

akhirnyaaaa,,aku milih baju kodok yang dibelikan bulik ku..nice banget..

Malam pementasanun tiba..
jam 10 malam aku belum juga dipanggil untuk membacakan puisi..aku sudah ngantuk..aku sebel.tapi ibuku terus menyemangatiku ( jewer kuping biar aku nggak ngantuk) hahaha

"Berikutnya, sebuah karya puisi akan dibacakan oleh putra bapak Hadi Soeminto..Ananda Dhora Vasminingtya..dipersilahkan naik ke panggung.." begitu kata pembawa acaranya..

pas naik panggung serasa jet lag,,semua bulu kudukq merinding..ya ampun penontonya ngalah2in fansnya taylor swift (lebay)

aku tak banyak bicara..aku diam..kira kira 5 menit..
semua tepuk tangan..

lalu aku baca :

begini..

Tukang Sate buah karya aku dan Ayahku..

Besok aku ingin makan sate

Sate bang Jono yang terkenal itu..

Satenya lalu kumakan dengan cabe..

memang enak sate bang jono itu..

Lusanya aku sakit perut..

ternyata usus buntu..

aku menangis meraung - raung..

aku tak mau lagi makan sate..

aku jengah dengan sate..

aku kapok seribu buaya.

Untungnya itu hanya mimpi..

#sorry man bait terakhir gue lupa...
dan semua tepok tangan dengan puisi absurd gue ini..

hahahaa..Merdeka merdekaaaa !!

Tes

dika

30 hari mencari C___ di germany ;)

hari ini hari ke 3 aku kuliah di germany..sumpah ngga tau aku harus bilang apa. rasa seneng gue hari ini nggak bisa diungkapkan dengan kata - kata..semuanya serba surprise,,semuanya serba menyennagkan dan satru lagi semuanya serba membuatku bersSYUKUR pada Allah..bahwa Allah itu bener bener sayaaaang gue,,

nangis iyaa,,seneng iyaaa..( dasar manusia labil) dan nggak galau lagi :O

satu sisi di jerman.,

kelas hari ini dimulai dengan kelas standart experiment learning. aku bergabung dengan anak - anak pendidikan kimia semester 5 disini..we got an experiment and its was so amazing..aku punya teman,,kay,,dario,,claudia,,,mely dan yang lainya..kita ber 16,,sehabis kelas dengan dr. Anne tadi aku semakin yakin  bahwa aku harus membenahi sistem pendidikan di Indonesia. minimal aku mulai dengan diri sendiri.

mereka belajar mengajar dan diajar dengan tanpa paksaan..mereka semua sangat bersemangat untuk memulai pembelajaran dan melakukan suatu kegiatan praktikum..

saat kelas praktikum dimulai..mahasiswa yang berada jurusan untuk mengajarkan secara simple materi yang ada dengan praktikum yang sudah mereka lakukan sebelumnya..dalam 1 hari ini,,aku dan teman2 beljar 4 jam untuk praktiku. praktikum hari ini ada 8 jenis praktikum dan semuanya dikerjakan dengan mudah karena mereka sudah menguasaai konsep yang ada secara simple juga,,sehingga 4 jam untuk kegiatan praktikum sebanyak 8 jenis praktikum bukan merupakan  sesuatu yang sempit. laporan yang harus mereka buat pun tidak bertele tele seperti kelasku di indonesia. cukup dengan bagaimana konklusionya dan cara kerja yang harus mereka ajarkan pada murid muridnya. jelas itu bukan sesatu yang sulit bagi mereka,,(semoga bagiku juga)  setelah itu, mereka akan mengajar dan melakukan praktikum pada murid sma mereka sama dengan apa yang mereka lakukan hari ini..sehingga miss conception itu akan jarang terjadi. pun ada itu tidak terlallu bahaya karena memang praktikumnya enteng..

ELEKROKIMIA DAN ELEKTROFORESIS SEPERTI HARI INI CONTOHNYA;

Pada praktikum ini semua mahasiswa sudah mendapatkan worksheet tentang cara kerja dan data pengamatan serta handbook berisi materi yang relevan..sehingga pas praktikum sebelumnya sih ada penjelasan tentang e nol dsb oleh asisten praktikum..lalu mereka melakukan praktikum tanpa banyak bertanya pada asisten mereka sudah ngerta apa yang harus meereka lakukan..

*to be countinued ( sik aku arep praktikumen lagi cak)

monday dovey

Halo semuanya. aku heran tiap hari bisa tiduraan (ya iyalah) kenapa update blog aja keteteran ya? (sambil bersihin sarang laba-laba dari blog)

Membenci hari Senin menjadi rutinitas banyak orang sejak dulu. Bahkan Iklan "I love Monday" dari Clas Mild saja tidak mampu merubah mindset orang-orang. Mungkin kalau hari Senin bisa ngomong pasti dia udah minta tukeran jadwal sama KPH (Komisi Pergantian Hari) untuk dituker jadwalnya sama hari Sabtu. Berikut wawancara kami dengan Hari Senin yang akan menjelaskan isi hatinya.

Halo Nin,gimana kabarnya?

Gak usah nanya, udah tahukan jawabnya? BURUK sekali.. everyone hates me :(

Oh,maaf mungkin lain kali saja ya wawancaranya?

Gak apa-apa, lanjut aja

Ok, gimana perasaanmu menjadi hari yang dibenci orang-orang?

MENYEDIHKAN!!.. kenapa sih mereka bisa jahat gitu! Gak ngaruh juga kali ..kalau aku gak ada mereka juga nanti bakal benci Selasa, kalau Selasa sama Aku gak ada mereka nanti juga benci hari Rabu! Harusnya yang mereka benci itu mereka sendiri yang gak bisa move on dari hari Minggu!

Waw, menyentuh sekali jawabanmu..Kamu pasti gak terlalu suka sama si Minggu ya?

BANGET.. Kenapa sih semua orang pada suka sama dia sampai lupa mandi,lupa bangun,lupa tugas, kerjaan ? Paling paling orang-orang suka sama aku kalau hari Gajian mereka pas hari Senin, kalau mahasiswa-mahasiswa itu juga suka sama aku kalau mereka gak ada kuliah Senin, ada juga sih yang suka sama aku kalau gebetan mereka sekampus, jadi tiap kuliah masuk semangat deh mereka! cih.

Eh ini kok bawa-bawa mahasiswa? tapi kuliah pagi waktu hari Senin itu beneran gak enak lho Nin

Yang harus disalahkan itu kampus atau sistem mereka! Kenapa juga ada kuliah pagi di hari Senin? Udah tahu gak dosen ga mahasiswa susah move on dari hari Minggu, harusnya kuliah di hari Senin itu mulai di hari Senin aja.. Oh iya satu lagi! Upacara buat anak sekolah juga kenapa harus Senin? Mending Jumat atau kapan gitu kek, selain Senin! Cih.

Sabar-sabar Nin, Oke ada pesan terakhir sebelum wawancara selesai?

Move on lah dari hari Minggu sebelum terlambat!

MarioTega

oke friend,,besok hari minggu.persiapkan senin segala sesuatunya..mulai dri sandal jepit sampe jepit ramput..awas jangan kejepit yak !!

Rumah IkaNku

Percayalah kasih, siapapun engkau nanti. Aku akan merawat anak2mu dengan baik  ^_^

#dalam edisi merawat ikan terlantar

Hwaah,, lama banget nggak nulis cerita lagi. Sampek ni tangan rasanya tuh kaku banget nyentuh keyboard notebook, mungkin alibinya jelas karena aku kuliah dijurusan PENDIDIKAN BIOLOGI ( sengaja nih aku capslock. Tanda “bangga”)  yang harus menulis laporan secara tulis tangan (lagi dan lagi __)

Hari ini tanggal 29 september, dan itu menunjukan kalo “wake me up when September ends” udah mulai dikumandangkan :D
#sampek sekarang aku ngga ngerti apa sih maksudnya lagu ini,,

Tp yang jelas, aku percaya kalo September “ceria” begitu juga aku harap dengan bulan yang lain.

Ehmm, apaya ya rek ya,,aku mau  cerita hari ini capeeek tapi sumpah seneng banget rasanya..pagi hari tuh..dengan kondisi badanku yang nggak fit aku terpaksa bolos ngaji bacaan di pondok PPM RJ *astagfirlah* lhah ini nggak kuat mameeen. . 

Langsung aku mandi dan berangkat ngampus karena aku hari ini punya jadwal menytiram di praktikum fistum yang ada di green house rumah kentang :*

Oiya lupaaah, sbelum itu, aku pergi ke temoat mbah jamu (baca: dokter specialissku paiing hebat se antah brantah) buat beli jamu pesenanku..yah lumayanlah biar kuat dan sehat,,pesan ibu juga harus rajin minum jamu tradisional #tumben patut dicontoh sodara !!

Udah tuh yeh,,balik  ke asrama trus makan bubur sama minum jamu yang pahitnya nggak nahan,,

*glogok glokgokk +____+ harap maklum jawa timmyyyuuuurrr..

Akirnyeee, brangkat ngampus jam 7 tet,,ke rumah kentang dan ketemu mbak jain,fuad sama pranoto,,ternyata udah disiram semua (banggaaa) yaudaa,,aku langsung ngampus bareng mereka karena pagi tadi ada ujian ilmu gizi dan kesehatan (langsung inget makanan) oleh bu meti J

“ eh prant, materinya apa aja to ? aku blm blajar belaaaas “ yoh ngono kuwi aku

“NDJndfjkdhfajbhJI3URBHFERUW3Y54UT23UYH3GFBC” ngonoh kui jawab pranoto,,

ORA CETHOO !

Ujian berlangsung dan ditungguin sama mas angkatn 08 boyband..yah okelah aku ngga respect,karna kebetulan perutku merong rong ngeri ngerong rasanyaaa mak !

Habis itu ujian aku langsung cabut gitu aja,,

Ngeprint laporan

Mandiin salju si bento di samping ngoresan

Sambil makan di warung segar>.

Nyaaam nyaam,,

Habis itu kuliah pak slamet..

“begitulah kehidupan jomblo disini pimarsa” (ngenes)

Assyik nya yang ini niiihhhhh____

Karena nanti sore ada kultur jaringan sama angkatan 09,,aku seneng banget soalnya dosenya tuh lucu,,dan ini mata kuliah emang aku sukaaaa ( no another reason)

Trus trsu sebelum jam itu kan pretest fisiologi tumbuhan..lhah betenyaa mminta mangaaap,,

Yaudah aku putusin aku mau jalan jalan ke pasar cari rumah buat ikaaaankuuuuuu

Ikan ikan ku uuuuuuu .. uuuuuuu

Its my crayooon , right ?

*sambil nyanyi song nya G Dragon :D

Tawar menawar dengan banyak penjual aquarium itu menyenangkan sekaligus menyediahkan,,singkat cerita, aku membeli aquarium oval seharga 65 ribu beserta hiasan dan refrigeratornya..
#alhamdulilah ikan ikanku mendapatkan rumah..

Aku punya 3 ikan,jenis ikan emas. Namanya bob

To be continued___

Hari ini 2 oktober,,

ikanku bernama bob mati :D

menjelang SNMPTN

hahyayy..

nggak kerasa udah mau SNMPTN lagi,,

dan sadarnya aku udah nggak minat nyoba lagi..buat apa ? di biology education udah kempot di semester 4..udah berjenggot masa iya mau mendormansi lagi

Aku emang udah mendeklarasikan kalo cita citaku buat jadi dokter udah GAGAL. Cita – cita yang sejak orok aku impikan sudah memfosil begitu saja semenjak aku menjalani kuliah alay di pendidikan biologi kelas internasional ini (katanya sih gitu).

Flash back cita – cita dijaman orok. Iya sih, Setiap anak gadis di dunia ini pasti punya impian di masa kecilnya. Entah itu jadi dokter, jadi astronot, jadi insinyur, jadi princess, atau bahkan jadi penganten..haha (tiba – tiba gue nggak pingin nikah)__red

So do I. When i was a little girl, i had a dream that someday i would be a doctor.

*pose andalan : dokter anaaak

Nggak percaya? Well, silahkan mampir dirumah!lihat ada beberapa bekas mainan yang berbau dokter – dokteran,,atau kalian bisa CHEK (demen banget kalo inget tulisan “check!) di catetan sd-ku kalo aku tim dokter kecil sekolah (senangnya cciiiyyyynnn) yah, walopun nggak seberapa dan terkesan jadi tukang kerok pakek minyak angin setiap upacara senin kalo ada yang pingsan, but i feel satisfied enough. Cukup buat nyalurin obsesi dokter gue yang nggak kesampean. LOL

*yang baca ini, harap siapkan keranda di rumah masing-masing
dokter = tamat
guru dokter = lanjut
itu aja sihh :)

enzim dan protein

ENZIM DAN PROTEIN

Posted by safnowandi on Februari 17, 2012

Posted in: Uncategorized. Tinggalkan sebuah Komentar

ENZIM

Enzim adalah biomolekul berupa protein yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kima organik. Molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat perubahannya menjadi molekul lain yang disebut produk. Jenis produk yang akan dihasilkan bergantung pada suatu kondisi/ zat, yang disebut prometer. Semua proses biologis sel memerlukan enzim agar dapat berlangsung dengan cukup cepat dalam suatu arah lintasan metabolisme yang ditentukan oleh hormon sebagai promoter.

Enzim bekerja dengan cara bereaksi dengan molekul substrat untuk menghasilkan senyawa intermediat melalui suatu reaksi kimia organik yang membutuhkan energi aktivasi lebih rendah, sehingga percepatan reaksi kimia terjadi karena reaksi kimia dengan energi aktivasi lebih tinggi membutuhkan waktu lebih lama. Sebagian besar enzim bekerja secara khas, yang artinya setiap jenis enzim hanya dapat bekerja pada satu macam senyawa atau reaksi kimia. Hal ini disebabkan perbedaan struktur kimia tiap enzim yang bersifat tetap. Sebagai contoh, enzim amilase hanya dapat digunakan pada proses perombakan pati menjadi glukosa.

Kerja enzim dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama adalah substrat, suhu, keasaman, kofaktor dan inhibitor. Tiap enzim memerlukan suhu dan pH (tingkat keasaman) optimum yang berbeda-beda karena enzim adalah protein, yang dapat mengalami perubahan bentuk jika suhu dan keasaman berubah. Di luar suhu atau pH yang sesuai, enzim tidak dapat bekerja secara optimal atau strukturnya akan mengalami kerusakan. Hal ini akan menyebabkan enzim kehilangan fungsinya sama sekali. Kerja enzim juga dipengaruhi oleh molekul lain. Inhibitor adalah molekul yang menurunkan aktivitas enzim, sedangkan aktivator adalah yang meningkatkan aktivitas enzim. Banyak obat dan racun adalah inhibitor enzim.

Struktur dan Mekanisme

Enzim umumnya merupakan protein globular dan ukurannya berkisar dari hanya 62 asam amino pada monomer 4-oksalokrotonat tautomerase, sampai dengan lebih dari 2.500 residu pada asam lemak sintase. Terdapat pula sejumlah kecil katalis RNA, dengan yang paling umum merupakan ribosom. Jenis enzim ini dirujuk sebagai RNA-enzim ataupun ribozim. Aktivitas enzim ditentukan oleh struktur tiga dimensinya (struktur kuaterner). Walaupun struktur enzim menentukan fungsinya, prediksi aktivitas enzim baru yang hanya dilihat dari strukturnya adalah hal yang sangat sulit. Kebanyakan enzim berukuran lebih besar daripada substratnya, tetapi hanya sebagian kecil asam amino enzim (sekitar 3-4 asam amino) yang secara langsung terlibat dalam katalisis. Daerah yang mengandung residu katalitik yang akan mengikat substrat dan kemudian menjalani reaksi ini dikenal sebagai tapak aktif. Enzim juga dapat mengandung tapak yang mengikat kofaktor yang diperlukan untuk katalisis. Beberapa enzim juga memiliki tapak ikat untuk molekul kecil, yang sering kali merupakan produk langsung ataupun tak langsung dari reaksi yang dikatalisasi. Pengikatan ini dapat meningkatkan ataupun menurunkan aktivitas enzim. Dengan demikian ia berfungsi sebagai regulasi umpan balik.

Sama seperti protein-protein lainnya, enzim merupakan rantai asam amino yang melipat. Tiap-tiap urutan asam amino menghasilkan struktur pelipatan dan sifat-sifat kimiawi yang khas. Rantai protein tunggal kadang-kadang dapat berkumpul bersama dan membentuk kompleks protein. Kebanyakan enzim dapat mengalami denaturasi (yakni terbuka dari lipatannya dan menjadi tidak aktif) oleh pemanasan ataupun denaturan kimiawi. Tergantung pada jenis-jenis enzim, denaturasi dapat bersifat reversibel maupun ireversibel.

Kespesifikan

Enzim biasanya sangat spesifik terhadap reaksi yang ia kataliskan maupun terhadap substrat yang terlibat dalam reaksi. Bentuk, muatan dan katakteristik hidrofilik/ hidrofobik enzim dan substrat bertanggung jawab terhadap kespesifikan ini. Enzim juga dapat menunjukkan tingkat stereospesifisitas, regioselektivitas, dan kemoselektivitas yang sangat tinggi. Beberapa enzim yang menunjukkan akurasi dan kespesifikan tertinggi terlibat dalam pengkopian dan pengekspresian genom. Enzim-enzim ini memiliki mekanisme “sistem pengecekan ulang”. Enzim seperti DNA polimerase mengatalisasi reaksi pada langkah pertama dan mengecek apakah produk reaksinya benar pada langkah kedua. Proses dua langkah ini menurunkan laju kesalahan dengan 1 kesalahan untuk setiap 100 juta reaksi pada polimerase mamalia. Mekanisme yang sama juga dapat ditemukan pada RNA polimerase, aminoasil tRNA sintetase dan ribosom.

Beberapa enzim yang menghasilkan metabolit sekunder dikatakan sebagai “tidak pilih-pilih”, yakni bahwa ia dapat bekerja pada berbagai jenis substrat yang berbeda-beda. Diajukan bahwa kespesifikan substrat yang sangat luas ini sangat penting terhadap evolusi lintasan biosintetik yang baru.

Model “kunci dan gembok”

Enzim sangatlah spesifik. Pada tahun 1894, Emil Fischer mengajukan bahwa hal ini dikarenakan baik enzim dan substrat memiliki bentuk geometri yang saling memenuhi. Hal ini sering dirujuk sebagai model “kunci dan gembok”. Manakala model ini menjelaskan kespesifikan enzim, ia gagal dalam menjelaskan stabilisasi keadaan transisi yang dicapai oleh enzim. Model ini telah dibuktikan tidak akurat, dan model ketepatan induksilah yang sekarang paling banyak diterima.

Model ketepatan induksi

Pada tahun 1958, Daniel Koshland mengajukan modifikasi model kunci dan gembok, oleh karena enzim memiliki struktur yang fleksibel, tapak aktif secara terus menerus berubah bentuknya sesuai dengan interaksi antara enzim dan substrat. Akibatnya, substrat tidak berikatan dengan tapak aktif yang kaku. Orientasi rantai samping asam amino berubah sesuai dengan substrat dan mengijinkan enzim untuk menjalankan fungsi katalitiknya. Pada beberapa kasus, misalnya glikosidase, molekul substrat juga berubah sedikit ketika ia memasuki tapak aktif. Tapak aktif akan terus berubah bentuknya sampai substrat terikat secara sepenuhnya, yang mana bentuk akhir dan muatan enzim ditentukan.

Mekanisme

Enzim dapat bekerja dengan beberapa cara:

• Menurunkan energi aktivasi dengan menciptakan suatu lingkungan yang mana keadaan transisi terstabilisasi (contohnya mengubah bentuk substrat menjadi konformasi keadaan transisi ketika ia terikat dengan enzim).
• Menurunkan energi keadaan transisi tanpa mengubah bentuk substrat dengan menciptakan lingkungan yang memiliki distribusi muatan yang berlawanan dengan keadaan transisi.
• Menyediakan lintasan reaksi alternatif. Contohnya bereaksi dengan substrat sementara waktu untuk membentuk kompleks enzim dan substrat.
• Menurunkan perubahan entropi reaksi dengan menggiring substrat bersama pada orientasi yang tepat untuk bereaksi. Menariknya, efek entropi ini melibatkan destabilisasi keadaan dasar, dan kontribusinya terhadap katalis relatif kecil.

Dinamika dan Fungsi

Dinamika internal enzim berhubungan dengan mekanisme katalis enzim tersebut. Dinamika internal enzim adalah pergerakan bagian struktur enzim, misalnya residu asam amino tunggal, sekelompok asam amino, ataupun bahwa keseluruhan domain protein. Pergerakan ini terjadi pada skala waktu yang bervariasi, berkisar dari beberapa femtodetik sampai dengan beberapa detik. Jaringan residu protein di seluruh struktur enzim dapat berkontribusi terhadap katalisis melalui gerak dinamik. Gerakan protein sangat vital, namun apakah vibrasi yang cepat atau lambat maupun pergerakan konformasi yang besar atau kecil yang lebih penting bergantung pada tipe reaksi yang terlibat. Namun, walaupun gerak ini sangat penting dalam hal pengikatan dan pelepasan substrat dan produk, adalah tidak jelas jika gerak ini membantu mempercepat langkah-langkah reaksi enzimatik ini. Penyingkapan ini juga memiliki implikasi yang luas dalam pemahaman efek alosterik dan pengembangan obat baru.

Kofaktor

Beberapa enzim tidak memerlukan komponen tambahan untuk mencapai aktivitas penuhnya. Namun beberapa memerlukan pula molekul non protein yang disebut kofaktor untuk berikatan dengan enzim dan menjadi aktif. Kofaktor dapat berupa zat anorganik (contohnya ion logam) ataupun zat organic (contohnya flavin dan heme). Kofaktor dapat berupa gugus prostetik yang mengikat dengan kuat, ataupun koenzim, yang akan melepaskan diri dari tapak aktif enzim semasa reaksi.

Enzim yang memerlukan kofaktor namun tidak terdapat kofaktor yang terikat dengannya disebut sebagai apoenzim ataupun apoprotein. Apoenzim beserta dengan kofaktornya disebut holoenzim (bentuk aktif). Kebanyakan kofaktor tidak terikat secara kovalen dengan enzim, tetapi terikat dengan kuat. Namun, gugus prostetik organik dapat pula terikat secara kovalen (contohnya tiamina pirofosfat pada enzim piruvat dehidrogenase). Istilah holoenzim juga dapat digunakan untuk merujuk pada enzim yang mengandung subunit protein berganda, seperti DNA polimerase. Pada kasus ini, holoenzim adalah kompleks lengkap yang mengandung seluruh subunit yang diperlukan agar menjadi aktif. Contoh enzim yang mengandung kofaktor adalah karbonat anhidrase, dengan kofaktor seng terikat sebagai bagian dari tapak aktifnya.

Koenzim

Koenzim adalah kofaktor berupa molekul organik kecil yang mentranspor gugus kimia atau elektron dari satu enzim ke enzim lainnya. Contoh koenzim mencakup NADH, NADPH dan adenosina trifosfat. Gugus kimiawi yang dibawa mencakup ion hidrida (H^–) yang dibawa oleh NAD atau NADP⁺, gugus asetil yang dibawa oleh koenzim A, formil, metenil, ataupun gugus metil yang dibawa oleh asam folat, dan gugus metil yang dibawa oleh S-adenosilmetionina. Beberapa koenzim seperti riboflavin, tiamina, dan asam folat adalah vitamin. Oleh karena koenzim secara kimiawi berubah oleh aksi enzim, dapat dikatakan koenzim merupakan substrat yang khusus, ataupun substrat sekunder. Sebagai contoh, sekitar 700 enzim diketahui menggunakan koenzim NADH. Regenerasi serta pemeliharaan konsentrasi koenzim terjadi dalam sel. Contohnya, NADPH diregenerasi melalui lintasan pentosa fosfat, dan S-adenosilmetionina melalui metionina adenosiltransferase.

Termodinamika

Substrat memerlukan energi yang banyak untuk mencapai keadaan transisi, yang akan kemudian berubah menjadi produk. Enzim menstabilisasi keadaan transisi, menurunkan energi yang diperlukan untuk menjadi produk. Sebagai katalis, enzim tidak mengubah posisi kesetimbangan reaksi kimia. Biasanya reaksi akan berjalan ke arah yang sama dengan reaksi tanpa katalis. Perbedaannya adalah, reaksi enzimatik berjalan lebih cepat. Namun, tanpa keberadaan enzim, reaksi samping yang memungkinkan dapat terjadi dan menghasilkan produk yang berbeda. Lebih lanjut, enzim dapat menggabungkan dua atau lebih reaksi, sehingga reaksi yang difavoritkan secara termodinamik dapat digunakan untuk mendorong reaksi yang tidak difavoritkan secara termodinamik. Sebagai contoh, hidrolisis ATP seringkali menggunakan reaksi kimia lainnya untuk mendorong reaksi.

Enzim mengatalisasi reaksi maju dan balik secara seimbang. Enzim tidak mengubah kesetimbangan reaksi itu sendiri, namun hanya mempercepat reaksi saja. Sebagai contoh, karbonat anhidrase mengatalisasi reaksinya ke dua arah bergantung pada konsentrasi reaktan.

(dalam jaringan tubuh; konsentrasi CO₂ yang tinggi)

(pada paru-paru; konsentrasi CO₂ yang rendah)

Walaupun demikian, jika kesetimbangan tersebut sangat memfavoritkan satu arah reaksi, yakni reaksi yang sangat eksergonik, reaksi itu akan menjadi ireversible. Pada kondisi demikian, enzim akan hanya mengatalisasi reaksi yang diijinkan secara termodinamik.

Kinetika

Mekanisme reaksi enzimatik untuk sebuah subtrat tunggal.

Enzim (E) mengikat substrat (S) dan menghasilkan produk (P). Kinetika enzim menginvestigasi bagaimana enzim mengikat substrat dengan mengubahnya menjadi produk. Pada tahun 1902, Victor Henri mengajukan suatu teori kinetika enzim yang kuantitatif, namun data eksperimennya tidak berguna karena perhatian pada konsentrasi ion hidrogen pada saat itu masih belum dititikberatkan. Setelah Peter Lauritz Sorensen menentukan skala pH logaritmik dan memperkenalkan konsep penyanggaan (buffering) pada tahun 1909, kimiawan Jerman Leonor Michaelis dan murid bimbingan pascadokotoralnya yang berasal dari Kanada, Maud Leonora Menten, mengulangi eksperimen Henri dan mengkonfirmasi persamaan Henri. Persamaan ini kemudian dikenal dengan nama “Kinetika Henri-Michaelis-Menten” (kadang-kadang juga hanya disebut kinetika Michaelis-Menten). Hasil kerja mereka kemudian dikembangkan lebih jauh oleh G.E. Briggs dan J.B.S. Haldane. Penurunan persamaan kinetika yang diturunkan mereka masih digunakan secara meluas sampai sekarang .

Salah satu kontribusi utama Henri pada kinetika enzim adalah memandang reaksi enzim sebagai dua tahapan. Pada tahap pertama, subtrat terikat ke enzim secara reversible, membentuk kompleks enzim-substrat. Kompleks ini kadang-kadang disebut sebagai kompleks Michaelis. Enzim kemudian mengatalisasi reaksi kimia dan melepaskan produk.

Enzim dapat mengatalisasi reaksi dengan kelajuan mencapai jutaan reaksi per detik. Sebagai contoh, tanpa keberadaan enzim, reaksi yang dikatalisasi oleh enzim orotidina 5-fosfat dekarboksilase akan memerlukan waktu 78 juta tahun untuk mengubah 50% substrat menjadi produk. Namun, apabila enzim tersebut ditambahkan, proses ini hanya memerlukan waktu 25 milidetik. Laju reaksi bergantung pada kondisi larutan dan konsentrasi substrat. Kondisi-kondisi yang menyebabkan denaturasi protein seperti temperatur tinggi, konsentrasi garam yang tinggi, dan nilai pH yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan menghilangkan aktivitas enzim. Sedangkan peningkatan konsentrasi substrat cenderung meningkatkan aktivitasnya.

Untuk menentukan kelajuan maksimum suatu reaksi enzimatik, konsentrasi substrat ditingkatkan sampai laju pembentukan produk yang terpantau menjadi konstan. Hal ini ditunjukkan oleh kurva kejenuhan di samping. Kejenuhan terjadi karena seiring dengan meningkatnya konsentrasi substrat, semakin banyak enzim bebas yang diubah menjadi kompleks substrat-enzim ES. Pada kelajuan yang maksimum (V_max), semua tapak aktif enzim akan berikatan dengan substrat, dan jumlah kompleks ES adalah sama dengan jumlah total enzim yang ada. Namun, V_max hanyalah salah satu konstanta kinetika enzim. Jumlah substrat yang diperlukan untuk mencapai nilai kelajuan reaksi tertentu jugalah penting. Hal ini diekspresikan oleh konstanta Michaelis-Menten (K_m), yang merupakan konsentrasi substrat yang diperlukan oleh suatu enzim untuk mencapai setengah kelajuan maksimumnya. Setiap enzim memiliki nilai K_m yang berbeda-beda untuk suatu subtrat, dan ini dapat menunjukkan seberapa kuatnya pengikatan substrat ke enzim. Konstanta lainnya yang juga berguna adalah k_cat, yang merupakan jumlah molekul substrat yang dapat ditangani oleh satu tapak aktif per detik.

Kinetika Michaelis-Menten bergantung pada hokum aksi massa, yang diturunkan berdasarkan asumsi difusi bebas dan pertumbukan acak yang didorong secara termodinamik. Namun, banyak proses-proses biokimia dan selular yang menyimpang dari kondisi ideal ini, disebabkan oleh kesesakan makromolekuler (macromolecular crowding), perpisahan fase enzim/ substrat/ produk, dan pergerakan molekul secara satu atau dua dimensi. Pada situasi seperti ini, kinetika Michaelis-Menten fractal dapat diterapkan.

Fungsi biologis

Enzim mempunyai berbagai fungsi bioligis dalam tubuh organisme hidup. Enzim berperan dalam transduksi signal dan regulasi sel, seringkali melalui enzim kinase dan fosfatase. Enzim juga berperan dalam menghasilkan pergerakan tubuh, dengan miosin menghidrolisis ATP untuk menghasilkan kontraksi otot ATPase lainnya dalam membran sel umumnya adalah pompa ion yang terlibat dalam transpor aktif. Enzim juga terlibat dalam fungs-fungsi yang khas, seperti lusiferase yang menghasilkan cahaya pada kunang-kunang. Virus juga mengandung enzim yang dapat menyerang sel, misalnya HIV integrase dan transcriptase balik.

Salah satu fungsi penting enzim adalah pada sistem pencernaan hewan. Enzim seperti amilase dan protease memecah molekul yang besar (seperti pati dan protein) menjadi molekul yang kecil, sehingga dapat diserap oleh usus. Molekul pati, sebagai contohnya, terlalu besar untuk diserap oleh usus, namun enzim akan menghidrolisis rantai pati menjadi molekul kecil seperti maltosa, yang akan dihidrolisis lebih jauh menjadi glukosa, sehingga dapat diserap. Enzim-enzim yang berbeda, mencerna zat-zat makanan yang berbeda pula. Pada hewan pemamah biak, mikroorganisme dalam perut hewan tersebut menghasilkan enzim selulase yang dapat mengurai sel dinding selulosa tanaman.

Beberapa enzim dapat bekerja bersama dalam urutan tertentu, dan menghasilan lintasan metabolisme. Dalam lintasan metabolisme, satu enzim akan membawa produk enzim lainnya sebagai substrat. Setelah reaksi katalitik terjadi, produk kemudian dihantarkan ke enzim lainnya. Kadang-kadang lebih dari satu enzim dapat mengatalisasi reaksi yang sama secara bersamaan. Enzim menentukan langkah-langkah apa saja yang terjadi dalam lintasan metabolisme ini. Tanpa enzim, metabolisme tidak akan berjalan melalui langkah yang teratur ataupun tidak akan berjalan dengan cukup cepat untuk memenuhi kebutuhan sel. Dan sebenarnya, lintasan metabolisme seperti glikolisis tidak akan dapat terjadi tanpa enzim. Glukosa, contohnya, dapat bereaksi secara langsung dengan ATP, dan menjadi terfosforliasi pada karbon-karbonnya secara acak. Tanpa keberadaan enzim, proses ini berjalan dengan sangat lambat. Namun, jika heksokinase ditambahkan, reaksi ini tetap berjalan, namun fosforilasi pada karbon 6 akan terjadi dengan sangat cepat, demikian juga produk glukosa-6-fosfat ditemukan sebagai produk utama. Oleh karena itu, jaringan lintasan metabolisme dalam tiap-tiap sel bergantung pada kumpulan enzim fungsional yang terdapat dalam sel tersebut.

Kontrol aktivitas

Terdapat lima cara utama aktivitas enzim dikontrol dalam sel yaitu:

1. Produksi enzim (transkripsi dan translasi gen enzim) dapat ditingkatkan atau diturunkan bergantung pada respon sel terhadap perubahan lingkungan. Bentuk regulase gen ini disebut induksi dan inhibisi enzim. Sebagai contohnya, bakteri dapat menjadi resistan terhadap antibiotik seperti penisilin karena enzim yang disebut beta-laktamase menginduksi hidrolisis cincin beta-laktam penisilin. Contoh lainnya adalah enzim dalam hati yang disebut sitokrom P450 oksidase yang penting dalam metabolisme obat. Induksi atau inhibisi enzim ini dapat mengakibatkan interaksi obat.
2. Enzim dapat dikompartemenkan, dengan lintasan metabolisme yang berbeda-beda yang terjadi dalam kompartemen sel yang berbeda. Sebagai contoh, asam lemak disintesis oleh sekelompok enzim dalam sitosol, retikulum endoplasma, dan aparat golgi, dan digunakan oleh sekelompok enzim lainnya sebagai sumber energi dalam mitokondria melalui oksidasi.
3. Enzim dapat diregulasi oleh inhibitor dan aktivator. Contohnya, produk akhir lintasan metabolisme seringkali merupakan inhibitor enzim pertama yang terlibat dalam lintasan metabolisme, sehingga ia dapat meregulasi jumlah produk akhir lintasan metabolisme tersebut. Mekanisme regulasi seperti ini disebut umpan balik negatif karena jumlah produk akhir diatur oleh konsentrasi produk itu sendiri. Mekanisme umpan balik negatif dapat secara efektif mengatur laju sintesis zat antara metabolit tergantung pada kebutuhan sel. Hal ini membantu alokasi bahan zat dan energi secara ekonomis dan menghindari pembuatan produk akhir yang berlebihan. Kontrol aksi enzimatik membantu menjaga homeostatis organisme hidup.
4. Enzim dapat diregulasi melalui modifikasi pasca-translasional. Ia dapat meliputi fosforilasi, miristoilasi, dan glikosilasi. Contohnya, sebagai respon terhadap insulin, fosforilasi banyak enzim termasuk glikogen sintase membantu mengontrol sintesis ataupun degradasi glikogen dan mengijinkan sel merespon terhadap perubahan kadar gula dalam darah. Contoh lain modifikasi pasca-translasional adalah pembelahan rantai polipeptida. Kimotripsin yang merupakan protease pencernaan diproduksi dalam keadaan tidak aktif sebagai kimotripsinogen di pankreas. Ia kemudian ditranspor ke dalam perut di mana ia diaktivasi. Hal ini menghalangi enzim mencerna pankreas dan jaringan lainnya sebelum ia memasuki perut. Jenis prekursor tak aktif ini dikenal sebagai zimogen.
5. Beberapa enzim dapat menjadi aktif ketika berada pada lingkungan yang berbeda. Contohnya, hemaglutinin pada virus influenza menjadi aktif dikarenakan kondisi asam lingkungan. Hal ini terjadi ketika virus terbawa ke dalam sel inang dan memasuki lisosom.

PROTEIN

Protein (asal kata protos dari bahasa Yunani yang berarti “yang paling utama”) adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen dan kadangkala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.

Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof). Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain poliskarida, lipid, dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu, protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan oleh Jons Jakob berzelius pada tahun 1838.

Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang dilakukan ribosom. Sampai tahap ini, protein masih “mentah”, hanya tersusun dari asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi.

Struktur

Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-sheet dan alpha-helix yang sangat pendek. Model dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank Data Protein (nomor 1EDH). Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer (tingkat satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat empat):

• Struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan temuan metode penentuan deret asam amino pada protein, dengan penggunaan beberapa enzim protease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu, menjadi fragmen peptida yang lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas kromatografik. Urutan asam amino menentukan fungsi protein, pada tahun 1957, Vernon Ingram menemukan bahwa translokasi asam amino akan mengubah fungsi protein, dan lebih lanjut memicu mutasi genetik.
• Struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah sebagai berikut:
  • Alpha helix (α-helix, “puntiran-alfa”), berupa pilinan rantai asam-asam amino berbentuk seperti spiral;
  • Beta-sheet (β-sheet, “lempeng-beta”), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H);
  • Beta-turn, (β-turn, “lekukan-beta”); dan
  • Gamma-turn, (γ-turn, “lekukan-gamma”).
• Struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk struktur kuartener.
• Contoh struktur kuartener yang terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.

Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis protein dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N dengan menggunakan degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan spektrometri massa, dan (4) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa. Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari puntiran alfa menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng beta menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum FTIR, pita amida-I dari puntiran alfa berbeda dibandingkan dengan pita amida-I dari lempeng beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa diestimasi dari spektrum inframerah.

Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri dari 40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain. Pada protein yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda dengan komponen penyusunnya. Bila struktur domain pada struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis masing-masing komponen domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan struktur domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak fungsional.

Kekurangan Protein

Protein sendiri mempunyai banyak sekali fungsi di tubuh kita. Pada dasarnya protein menunjang keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh. Setiap orang dewasa harus sedikitnya mengonsumsi 1 g protein per kg berat tubuhnya. Kebutuhan akan protein bertambah pada perempuan yang mengandung dan atlet-atlet.

Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:

• Kerontokan rambut (rambut terdiri dari 97-100% dari Protein Keratin)
• Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan protein. Biasanya pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari yang namanya busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam pembuluh darah sehingga menimbulkan odem.Simptom yang lain dapat dikenali adalah:
  • hipotonus
  • gangguan pertumbuhan
  • hati lemak
• Kekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat kematian.

Sintese Protein

Dari makanan kita memperoleh Protein. Di sistem pencernaan protein akan diuraikan menjadi peptid-peptid yang strukturnya lebih sederhana terdiri dari asam amino. Hal ini dilakukan dengan bantuan enzim. Tubuh manusia memerlukan 9 asam amino. Artinya kesembilan asam amino ini tidak dapat disintesa sendiri oleh tubuh esensiil, sedangkan sebagian asam amino dapat disintesa sendiri atau tidak esensiil oleh tubuh. Keseluruhan berjumlah 21 asam amino. Setelah penyerapan di usus maka akan diberikan ke darah. Darah membawa asam amino itu ke setiap sel tubuh. Kode untuk asam amino tidak esensiil dapat disintesa oleh DNA. Ini disebut dengan DNA transkripsi. Kemudian karena hasil transkripsi di proses lebih lanjut di ribosom atau retikulum endoplasma, disebut sebagai translasi.

Sumber Protein

• Daging
• Ikan
• Telur
• Susu, dan produk sejenis Quark
• Tumbuhan berbiji
• Suku polong-polongan
• Kentang

Studi dari Biokimiawan USA Thomas Osborne Lafayete Mendel, Profesor untuk biokimia di Yale, 1914, mengujicobakan protein konsumsi dari daging dan tumbuhan kepada kelinci. Satu grup kelinci-kelinci tersebut diberikan makanan protein hewani, sedangkan grup yang lain diberikan protein nabati. Dari eksperimennya didapati bahwa kelinci yang memperoleh protein hewani lebih cepat bertambah beratnya dari kelinci yang memperoleh protein nabati. Kemudian studi selanjutnya, oleh McCay dari Universitas Berkeley menunjukkan how to get a six pack in a week bahwa kelinci yang memperoleh protein nabati, lebih sehat dan hidup dua kali lebih lama.

Keuntungan Protein

• Sumber energi
• Pembetukan dan perbaikan sel dan jaringan
• Sebagai sintesis hormon,enzim, dan antibodi
• Pengatur keseimbangan kadar asam basa dalam sel.

Fungsi Protein

Fungsi protein di dalam tubuh kita sangat banyak, bahkan banyak dari proses pertumbuhan tubuh manusia dipengaruhi oleh protein yang terkandung di dalam tubuh kita. Sebagai enzim hampir semua reaksi biologis dipercepat atau dibantu oleh suatu senyawa makromolekul spesifik yang disebut enzim, dari reaksi yang sangat sederhana seperti reaksi transportasi karbon dioksida sampai yang sangat rumit seperti replikasi kromosom. Protein besar peranannya terhadap perubahan-perubahan kimia dalam sistem biologis. Alat pengangkut dan penyimpan banyak molekul dengan MB kecil serta beberapa ion dapat diangkut atau dipindahkan oleh protein-protein tertentu. Misalnya hemoglobin mengangkut oksigen dalam eritrosit, sedangkan mioglobin mengangkut oksigen dalam otot. Pengatur pergerakan Protein merupakan komponen utama daging, gerakan otot terjadi karena adanya dua molekul protein yang saling bergeseran.

Penunjang mekanis kekuatan dan daya tahan robek kulit dan tulang disebabkan adanya kolagen, suatu protein berbentuk bulat panjang dan mudah membentuk serabut. Pertahanan tubuh atau imunisasi pertahanan tubuh biasanya dalam bentuk antibodi, yaitu suatu protein khusus yang dapat mengenal dan menempel atau mengikat benda-benda asing yang masuk ke dalam tubuh seperti virus, bakteri, dan sel- sel asing lain. Media perambatan impuls syaraf
protein yang mempunyai fungsi ini biasanya berbentuk reseptor, misalnya rodopsin, suatu protein yang bertindak sebagai reseptor penerima warna atau cahaya pada sel-sel mata. Pengendalian pertumbuhan protein ini bekerja sebagai reseptor (dalam bakteri) yang dapat mempengaruhi fungsi bagian-bagian DNA yang mengatur sifat dan karakter bahan.

Langkah-langkah Proses Sintesis Protein

Secara garis besar, ADN sebagai bahan genetis mengendalikan sifat individu melalui proses sintesis protein. Ada dua kelompok protein yang dibuat ADN, yaitu protein struktural dan protein katalis. Protein struktural akan membentuk sel, jaringan, dan organ hingga penampakan fisik suatu individu. Inilah yang menyebabkan ciri fisik tiap orang berbeda satu sama lain. Protein katalis akan membentuk enzim dan hormon yang berpengaruh besar terhadap proses metabolisme, dan akhirnya berpengaruh terhadap sifat psikis, emosi, kepribadian, atau kecerdasan seseorang.

Proses sintesis protein dapat dibedakan menjadi dua tahap. Tahap pertama adalah transkripsi yaitu pencetakan ARNd oleh ADN yang berlangsung di dalam inti sel. ARNd inilah yang akan membawa kode genetik dari ADN. Tahap kedua adalah translasi yaitu penerjemahan kode genetik yang dibawa ARNd oleh ARNt.

1. Transkripsi
Langkah transkripsi berlangsung sebagai berikut:

1. Sebagian rantai ADN membuka, kemudian disusul oleh pembentukan rantai ARNd. Rantai ADN yang mencetak ARNd disebut rantai sense/template. Pasangan rantai sense yang tidak mencetak ARNd disebut rantai antisense.
2. Pada rantai sense ADN didapati pasangan tiga basa nitrogen (triplet) yang disebut kodogen. Triplet ini akan mencetak triplet pada rantai ARNd yang disebut kodon. Kodon inilah yang disebut “kode genetika” yang berfungsi mengkodekan jenis asam amino tertentu yang diperlukan dalam sintesis protein. Selanjutnya boleh dikatakan bahwa ARNd atau kodon itulah yang merupakan kode genetika. Lihat daftar kodon dan asam amino yang dikodekannya di bawah ini.
3. Setelah terbentuk, ARNd keluar dari inti sel melalui pori-pori membran inti menuju ke ribosom dalam sitoplasma.

Untuk setiap satu molekul protein yang dibentuk akan selalu dimulai dengan kodon inisiasi atau kodon start yaitu AUG yang mengkodekan asam amino metionin. Jika satu molekul protein telah terbentuk akan selalu diakhiri dengan tanda berupa kodon stop atau kodon terminasi, yaitu UGA, UAA, atau UAG (lihat daftar di atas).

2. Translasi
ARNt memiliki triplet yang merupakan pasangan kodon dan disebut antikodon. Setiap ARNt hanya dapat mengikat satu jenis asam amino sesuai yang dikodekan oleh kodon. Jadi dalam translasi terjadi penerjemahan kode genetik yang dibawa ARNd (kodon) oleh ARNt (antikodon) dengan cara ARNt mengikat satu asam amino yang sesuai.

Setelah ARNd keluar dari dalam inti, selanjutnya ia bergabung dengan ribosom dalam sitoplasma. Langkah berikutnya adalah penerjemahan kode genetik (kodon) yang dilakukan oleh ARNt. Caranya, ARNt akan mengikat asam amino tertentu sesuai yang dikodekan oleh kodon, lalu membawa asam amino tersebut dan bergabung dengan ARNd yang telah ada di ribosom. Langkah tersebut dilakukan secara bergantian oleh banyak ARNt yang masing-masing mengikat satu jenis asam amino yang lain. Setelah asam amino dibawa ARNt bergabung dengan ARNd di ribosom, selanjutnya akan terjadi ikatan antar asam amino membentuk polipeptida. Protein akan terbentuk setelah berlangsung proses polimerisasi.

tugas dari asisten setengah dewa

ciyaa..
apasii semester 4 ? sepertinya nggak ada yang sepecial..
kucuali sebuah tugas yang membutuhkan waktu praktikum selama seminggu ini..
'taraaaamm" dia dalah making preparat"


dan segalanya berubah menjadi preparaat..(hatiku pun terpreparat..haha)
jadi  langkah untuk membuat preparat adalah = jeng jeng..nada kematian :

langkah kerja membuat preparat kering
Pembuatan preparat histologi pada daun eceng gondok dilakukan beberapa tahapan sesuai dengan petunjuk Sass (1985) sebagai berikut:
1). Fiksasi
Fiksasi jaringan berfungsi untuk mencegah terjadinya perubahan jaringan sehingga tidak mempengaruhi autolisis pasca mati dan meningkatkan daya pewarnaan jaringan. Larutan yang dipakai dalam proses fiksasi adalah FAA dimana organ daun eceng gondok diambil kemudian dipotong dengan lebar 0,5 cm dengan panjang 1 cm secara melintang kemudian dimasukkkan ke dalam larutan FAA selama 48 jam. Kemudian sampel dimasukkan ke dalam casste embeding yang sudah diberi kode dengan menggunakan pensil 2B.
2). Pencucian
Setelah dilakukan fiksasi maka dilakukan pencucian dengan menggunakan alkohol 70 % selama beberapa menit.
3). Dehidrasi
Dehidrasi merupakan langkah awal pada proses pembuatan preparat histologi yang bertujuan untuk mengeluarkan air dan menggantikannya dengan alkohol yang terdapat dalam jaringan daun yang dilakukan dengan cara perendaman. Kemudian sampel diletakkan dalam cassette embedding dan dimasukkkan kedalam alkohol secara bertingkat mulai dari alkohol 70 %, alkohol 80%, alkohol 90% dan alkohol 95% serta alkohol absolut masing-masing selama 2 jam.
4). Penjernihan (clearing)
Penjernihan bertujuan untuk menggantikan tempat alkohol dalam jaringan yang mengalami proses dehidrasi menjelang proses infiltrasi parafin. Adapun tahap proses penjernihan (clearing) sampel dimasukkan ke dalam larutan dibawah ini masing-masing perlakuan dilakukan selama 1 jam yaitu:
1. Alkohol 75 ml : Xylol 25 ml (3:1)
2. Alkohol 50 ml : Xylol 50 ml (1:1)
3. Alkohol 25 ml : Xylol 75 ml (1:3)
4. Xylol I
5. Xylol II
5). Embedding dan pengeblokan
Proses embeding bertujuan untuk menyebarkan parafin ke dalam semua ruangan inter sel bahkan ke dalam sel, sehingga jaringan memiliki konsistensi kuat yang sangat diperlukan dalam proses pemotongan.
Adapun proses embedding dan pengeblokan sebagai berikut:
a. Parafin dicairkan dahulu sampai bening di dalam oven pada suhu 580C kemudian parafin dicampurkan dengan xylol dengan perbandingan 1:1 selama 1 jam.
b. Selanjutnya sampel yang telah direndam dalam xylol parafin I selama 1 jam dimasukkan ke dalam oven dengan suhu 580C.
c. Kemudian dipindahkan ke faparin I selama 1 jam pada suhu 580C
d. Kemudian dipindahkan ke faparin II selama 1 jam pada suhu 580C
e. Parafin cair dituangkan sedikit ke dalam wadah cetakan sebagai dasar pembuatan blok.
f. Sampel diambil dari tempatnya (parafin II) dan di tata pada tempat pemblokan diatas hot plate dengan menggunakan pinset.
g. Diberi tanda atau keterangan pada masing-masing blok/jaringan agar mudah mengenalinya.
h. Setelah ditata dan blok sudah dingin, dilakukan penempelan blok pada holder/kayu.
i. Parafin blok ditempatkan pada bantalan es agar cepat membeku dan tidak pecah pada saat pemotongan.
j. Pemotongan diawali dengan trimming yaitu mengikis sedikit demi sedikit bagian tepi blok yang tidak terdapat sampel daun dengan tujuan untuk mempermudah pemotongan dengan menggunakan mikrotom. Hasil pemblokkan diletakkkan pada holder sesuai dengan mikrotom. Pemotongan dengan mikrotom dilakukan dengan ketebalan 7µ. Hasil pemotongan yang menyerupai pita diletakkkan pada permukaan air didalam water bach pada suhu 35-40 0C dengan tujuan agar jaringan mengambang dengan baik. Kemudian potongan jaringan tersebut diangkat dan ditempelkan ke objek glass yang sudah diolesi gliserin albumin.

7. Proses Pewarnaan dan Mounting
Tujuan dari pewarnaan adalah untuk mempertajam atau memperjelas berbagai elemen jaringan terutama sel-selnya sehingga dapat diamati dengan mikroskop. Sedangkan mounting maksudnya agar preparat histologi bertahan lama yaitu dengan cara menutup dengan gelas penutup yang telah ditetesi entellen neu. Proses pewarnaan dan mounting dilakukan dengan beberapa tahap. Adapun tahap-tahapnya antara lain sampel dimasukkan ke dalam:
a. Xylol I Selama 30 Menit
b. Xylol II Selama 30 Menit
c. Xylol – Alkohol (1:1) selama 15 Menit
d. Alkohol absolut selama 5 menit
e. Alkohol 95 % selama 5 menit
f. Alkohol 80 % selama 5 menit
g. Alkohol 70 % selama 5 menit
h. Safranin 1 % selama 30 menit
i. Cuci dengan air mengalir selama ± 1 menit
j. Alkohol 70 %, alkohol 80 %, alkohol 95 % selama 1 menit
k. Alkohol absolut selama 1 menit
l. Xylol – alkohol (1:1) selama 1 menit
m. Xylol I selama 1 menit
n. Xylol II selama 1 menit

Terakhir ditutup dengan gelas penutup yanng telah ditetesi entellen neu dan dikeringkan. Selanjutnya dilakukan pengamatan dibawah mikroskop dimulai dari perbesaran rendah (10x4) dan dilanjutkan dengan perbesaran (10x40) dengan kalibrasi 0,0025.

 

 

 

 

aku dan celoteh anag biology kelas inter 2010

ini cerita ane, mana cerita ente . . . . .

^__^

Aku dan celoteh anak sbi 2010

Kita memang special kawan..

Masuk dalam episode “betapa specialnya kita....”

*Kumaya Agustina >> alias kum – kum, kumbahan, kuman, sopanya sihh kumay dan maya.,.asal sragen iki, gemolong OFFSPRING :D sepintas sih cuek bebek angsa dikuali..tapi begitu kenaaalll..masyaAllloh..seberapa banyak dosa yang melumuri kami ya Rabb,,”ccaaaaaahhh wes stop, opo to iki kemruwek, ojo pating bregadhaak wae !!!” beginilah teriakan mautnyaa..hahahha. Si Doi ini punya “skandal” sama pak Joko,alibinya sih dia kan PJ EFB gitu, tapi.. dikit dikit bilangnya “kata pak joko....” krik krik. Mirip siti nurohaya (nek ga salah) kum – kum pinter lhooo,,

*Eko setyo M >> kita orang panggilnya siwi,, ibu bendum abadi de celoteh anak sbi ini paling getol untuk urusan tagih menagih diut kas atau serentetan tagihan..haha.. si doi juga baik banget padaku, enak kok orangnya,,walopun kadang kadang pendiem..tapi kalo udah kenal pasti dia banyak cerita,,hahahaa kalo lagi ngambek lucu =nya minta ampuuun,,trus jadinya ngga bisa ngambek deh..haha si dia juga jadi penasehat pribadi aku lhooo,,haha..love u girls,,thanks a lot for your helping me..

*Uswatun Khasanah >> aku memanggilnya akrab dengan sebutan mbak rika..apa ya ?? keibuaan bgt, pendiem, pinter juga (pinter beud dink), nilainya ngeri breww, perfect daah, tapi suka bikin aku canggung gitu..habisnya kadang aku garing sih, Si Ce ini ga bisa marah lhooo :D jadi kalo kita ngerecokinya ga masalah sih,, aku guyur sampe basah di depan lab sore hari aja dia Cuma ketawa nyengir ( ya iyalah ultah), eh satu lagi..story love nya sama ciripa gimana ya ?? monoceous of international biology class !!! cheeeeerrrrss.,.

*Desy Nugrahani >> mbak desyongk (desy sayongk, gitu mksudku cuy) wawa, dingin beeudd, pendiem sih, terkesan cuek dan anggun J makanya banyak banget yang naksir.. (hrs bnyak blajar) udah gitu cantik dan putih,,tapi tapi tapi...udah ada yang mempersuntingnya,, jadi ceman ceman jangan ganggu yaak J (des, aku melindungimu), mirip bu umi katanya sih,, tapi kalo pas udah marah,, Duh gusti paringono sabar,,kita Cuma kempas kempis no comentlah..

*Reni septi eka Huntanti >> rentol adalah nama artisnya,,haha..lakune koyo macan luwe, lemah gemulai,,halus bicaranya ga kaya ikan patin ( kalo di desaku patin itu nama orang idiot), selain terkenal karena lemah lembutnya di juga eksis dengan setiap kelakuanya dengan ataupun tanpa cerebrovit..selalu membikin kami bereaksi layaknya hcl dan membuat kami mengernyitkan dahi,geser alis sama mencorin bibir ( kadang sampe mati ala raditya dike)

*Dedy setyawan >> dedong,aduh ampunilah dosa kami Rabb.. tingkahnya selalu bikin wajah kami sceptis,,entah otaknya terbuat dari apa tapin yang jelas pemikiranya itu selalu berbeda dengan kebiasaan umum. Kalo kuliah jarang mandi, kalopun mau mandi bawa odol sama sikat gigi ke kampus,,begitulah sodara – sodara..tapi mas boy ini kreatif juga lhooo, dirty desainya mantab,,makin dirty makin oke..yah 11 12 lah sama mukanya yang rat unyu unyu (b’canda tedy). Selai itu santainya ngga karuan..haha..walopun kadang sante perlu tapi lebih tepat kalo aku bilang “ndableg bin mbeler”..

*M.M. Palka >> nona palka asal lombok ga pedes yang anggun nan cantik ini orang religius di celoteh anak sbi.Awal ngelihat kirain dia bakal jadi mbak’’ AAI yang super kalem..tapi eh eh eh lagi lagi celoteh sbi emang special, lha gimna lho ? orang yang keliatan anggun kayak begini bisa bertingkah kaya preman pasar klewer..dimana mana ada aja ributnya,,yah ributnya tp juga anggun kok..InsaAlloh udah ngga bercita – cita jadi dokter nih anak tapi jadi profesor.semoga. Palka tuh keliatan pinter lhoo, tapi kadang kalo ngemeng suka ngaco ( mungkin semenjak aku jatuhan dari si bety di perempatan “tragedi palka”begitulah kami menyebutnya)

*Sari Domar >> hemh,,sardom si putra bangsa riau. pendieem dia tuh, cool gitu ngomongnya.tapi kalo udahmulai grogi ama bingung malai deh ngacooo nya kaya hiu terbang, selain itchuu, referensi yang jadi sumber omongan sari tuh mesti bkin kita excited ngono,,haha. Tapi di balik itu semua sardom tuh cekatan lho orangnya kadang mutungan juga sih J oiyooo satu lagi, manusia celoteh sbi yang paling bersih ya ini ni,,apaan coba dikit dikit suruh cuci tangan sama kaki,ngga ada kuman dari radius 3 km. Apalagi lalat, silauuu meen..

*Hakim Surya >> aku angkat 1 tangan buat cowok celoteh anak sbi ini, why ? he is the king of playboy..yap yap ngeri deh kalo lihat betapa cewek tergeloo geloo sama dia,,bnyak beud..masnya kok bisa gitu dulu makan cyperus rotundus sama tarantula goreng ? udah cakep dan the best drum.. tapi tapi rokoknya ngga nahan, bikin aku mau muntab klipengan,.lanjutkan nge drumnya ya mas..besok kalo jadi guru siap – siap jadi pembina ekstra musik ajalah.lumayan dapat ceperan gaji gede..

*Muamanah >> kalo inget mumu ini, aku ingetb laporan anatomy of chordate nya yang bagus beuddhh..tulisanya rapih dan rajin pula (iya iya ga kaya aku yg ogros). Mumu tuh kecil unyu unyu dan ngapakers ( gue anti bhasanya,ga mudeng soalnya)nah nah si doi juga baik hati dan enak kalo dimintain bantuan..hahaha mumu jang pelit sama kita orang semua ya.. ^_^

*Pranoto >> pak Kating yang ini jadi sesepuhan yang ga tau diri di celoteh anak sbi.haha, ketua kating yang seriong termehek mehek oleh kelakuan anak buwahnya. Berkacamata terlihat pintar.mungkin. lelaki asal ngawi ini punya temperamen tinggi.. jadi awas ya teman – teman..haha tapi slengekan juga sih dan suka guyonan ( walopun kadang guyonanya jorok)aduhduduh,tapi dia baik hati lhoo suka menolong pula (pada desy utamanya)ckikikiki..Dia juga ngalahan kok orangnya..jdi mas mba sante aja kalo ktemu..ga usah dicakar..kasihan balung tua..piss mas bro ;’)

*Fuad haris >> binti Joleno. Aneh bin ajaib. Celoteh anak punya species kaya begini,,ngomongnya ngalahin dalang..nyanyi nya ngalahin bos palapa..sagitapun lewat,goyanganya wes ra coment aku..mas nya ini pendiem..kalopun ngomong juga msti menimbulkan kontroversi dari berbagai kalangan.jadi kputusan yg tepat kalo lo diem. Mas joleno ki ga isanan nek sama temenya..baik hati dan hokinya tinggi..

*Pramukti >> hani kita panggilnya. Punya suara emas..cantik bgt suaranya..citra idol aja ngga tau di bwah ato atasnya.. cewek ini udah mapan dengan pangeran dokter dan dia selalu congkak dengan kemapananya ini (canda han,inisiasi pingin). Mbaknya juga cerewt ini dan sedikit mengatur kelas kita jadi lebih baik..sinden gosipnya mantap broo,,mas nanangpun klepek klepek..tapi mbaknya maknya sedikit jadi badanya kecil (lo ga cacingan kan han ?) makanya kalo dikelas sering usul kita beli obat combantrin bareng bareng..haha

*Arief ridho >> kita manggilnya ciripa..habisnya lucu sih kaya ciripa..ini agak normal ni anak celoteh. Selain itu, kalo cripa juga pinter dan baik hati selalu mengalah pula dan parfumnya enak lhoo,ada rasa buah dan strobery (pesen di siwi) ciripa juga sering bantuin kita..tapi kelakuanya tuh aneh,kadang2 suka geleng – geleng kepala sendiri,,kenapa ya ? aku tuh sampek mikir pas di kelas..trus badanya agak gendut kaya ibu hamil 2 bulan. Piye sodara sodara ?

*putri Gelar >> ini cewek keturunan keraton ngapak bro sist,,jadi hati hati nih aku ngomongnyaa J putri tuh imut suaranya kecil unyu gitu..orangnya putih,cantik dan perfect daah,,sampek om slamet aja kelepek kelepek hahaha,,puti baik hati juga lhoo, mau bantuin aku..haha makasih ya puttt..tapi tapi paling manja diantara semua celoteh anag sbi..

*Heppy >> hepoooonggg, emang paling rempoong sedunia..asal wonogiri emang suka bikin galo galo..ngomongnya udah ga ada spasinya kaya hape SE nya..kalo pas kuliah suka pegangin rabut yang selembut sutra, nih anak hokinya jugaa guuede deh,,asik juga kalo diajak bercanda,,tapi kalo dia pas ketawa aku tuh ketawa bkan karna guyonanya tapi ketawa karna dia ketawanya lucu..ngik ngik ngonoo..anaknya cekatan dlam sgala hal (termasuk urusan nyontek),,baik juga sama akuu,thanks hepong J

*milyarda S >> mily,,teteh bandung ini geulis pisan euy,,ayu cak (putrane sopo sik no) teteh yg satu ini suka ceplas ceplos bas bis bus kalo ngomong kaya ngga ada remnya gtiu..keren dah pokoknya..kritis dan pinter,,punya cara pandang yang berbeda sama kita dan terkadang itu emang perlu..good job girl..so i proud of you..inisiatif dan kreatif,baik pula, itulah mily..tapi tapi ada tapinya si doi temperamntal..jadi kita kudu siap dengan sgala resiko canddaanya..haha

*aku >> dora vasminingtya,panggil aku bob, manusia terbodoh sedunia yang akan terus belajar dan mengejar apa yang aku inginkan sampai dapat, walau harus jatuh bangun sampai kapan ? sampai hati kecil ini menyerah...

Thanks to GOD which given us the special ability.. we should have believed that we can do the best..

Thanks to OUR PARENTS whose keep us with their pray and their money, so we can stay at solo to study hard...

Thanks to Our supervisor at biology education..

Special for me,I say thanks to Bob, wish the best for you. Im sorry for being selfish and immaturity.. im sorry. This is me. The real me. No more.and no more tears (kalo iklan sabun bayi artinya “tidak pedih dimata)